日興宮的祠祭始於清嘉慶年間 (1796-1820) 漳州詔安廖氏來臺拓墾三城之先民共十八股人氏，由原鄉迎奉謝府元帥及開漳聖王來臺。嗣後於道光卅年 (1850) 建廟於三城之三湖，並定名「日興居」。日據時昭和元年重建，並改為現名「日興宮」。

後來日興宮的香火曾有過危機，廟址被軍隊占用，信仰倚靠鄉里間以爐主的方式輪流奉祀於民宅得以延續。但此危機的產生及時間卻有兩種說法：一說是日據時日軍曾將「日興居」作為駐地、他遷時卻燒毀廟宇藉此消滅地方信仰，直至昭和元年才在簡赤牛等地方人士熱心倡議奔走下於舊址復建，並改名「日興宮」；註7. 另一說則是光復後國軍於民國卅五年進駐日興宮，致香火斷絕，民國五十年後又遇火災、颱風，「鄉民畏其淫暴，莫敢倡修」。後經地方鄉紳協調與信眾捐獻，方得於舊址復建，擴增規模，並於民國五十三年建成設醮。註8.

民國六十二年安康路拓寬，原廟址成為路基用地，因此日興宮遂遷至原廟後方山坡的現址異地重建，民國六十五年動土，七十四年安座落成，但後續的整建直到民國八十五年始完成今貌。註9. 至於舊址仍存的部分廟體，正臨安康路，則改成供奉土地福德正神的偏殿，入內沿著室內樓梯扶搖而上可至廟前廣場。

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註7. 參見中華綜合發展研究院應用史學研究所，《新店市志》（台北：新店市公所，2006），頁606。《新店市志》的文字則是摘錄自新店市公所民國九十三年出版的《宗教之美》。
註8. 參見廟前廣場左側「日興宮歷史簡介」勒石，民國九十三年立。不過此勒石與《新店市志》的文字頗有出入，除上述到底是日人還是我政府致使日興宮香火近斷的迥異外，《新店市志》謂「民國四十五年，因颱風肆虐，頂椽曾受毀損，直至民國四十九年，再度恢復舊觀」。也與碑文的內容大相逕庭。
註9. 以上主要參考「日興宮歷史簡介」勒石與《新店市志》。