據〈潤濟宮建設沿革誌〉與《新店市志》載潤濟宮的信仰約源於清嘉慶九年 (1804)，初時僅為一簡單祀神之處，但因靈驗已有每年四季小祭、十一月間大祭的定期慶典。至清道光十二年 (1832)，當地庄落暫成之際由四城頭人，即二城頭人游學海、三城頭人廖世協、車子路頭人林青露、頭城頭人邱神恩等發起募捐建廟奉祀三官大帝，購地作為香燈業（奉祀基金），並訂五張地區依序輪流祀典（車仔路、及頭、二、三、四、五城），此即潤濟宮大致的祭祀圈範圍。至於廟號之由來相傳乃是由籌建廟宇的四位頭人之姓氏編成，四城與二城頭人游學海無字取姓「游」字，三城頭人廖世協字濟和取「濟」字，車子路頭人林青露字潤甫取「潤」字，頭城頭人邱神恩字在宮取「宮」字，如是遂成「游潤濟宮」，但在掛匾額時公眾欲取雅號刪除游字為「潤濟宮」，即成今之廟號。註8.

潤濟宮在清道光十五年（1835）又二度集資興建，但因資金等問題直至同治元年 (1862) 方興築完成。嗣後日據大正二年 (1913)、十年及民國七十五年、七十七年、八十八年有過五次重修及擴建，並於九十年竣工成為今天的規模。至於建築式樣，同治以前為紅磚民房，之後改建為四合院閩南式的建築，民國時的改建方成為現在道教宮廟的外貌。註9.

原本潤濟宮的管理是採取然「管理人制」，當時是內五庄每庄兩位管理人，一共是十位管理人，大概到民國七十七年翻修改建之後，才成立現今推動廟務的管理委員會。註10.

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註8. 此取廟名的傳說分別見〈潤濟宮建設沿革誌〉與《新店市志》。但有另一說稍有不同，據潤濟宮副主委游松雄耆老轉述：廟宇命名之初，是由籌建的四位頭人將自身之生辰八字，合算八卦來命名。廖世協卜出「潤」字，邱神恩卜出「濟」字，林青露卜出「宮」字，但游學海卻卜不出字，故最後遂以「游潤濟宮」來稱呼宮名，多年以後才去除「游」字，改為現在的「潤濟宮」。參見網頁：中華綜合發展研究院應用史學研究所，《新店市志》（台北：新店市公所，2006），頁605。不過該兩說仍有不合理處，蓋民間寺廟一般均以宮、廟、祠或寺命名，應不需透過姓名或卜卦取字來決定「宮」字。而潤濟宮之取名應與「神恩潤施於世，普濟萬民」之意有關。
註9. 參見〈潤濟宮建設沿革誌〉、及「臺灣地區地名查詢系統」「潤濟宮」詞條。
註10. 廖倫光，《新北市南部近山地區客家行腳》，頁86。