土城祭祀神農的五穀先帝廟，前身為主祀三山國王的「慶安宮」，註4. 後來改建稱為「神農宮」，大概民國八十年代後期才改廟名為「五穀先帝廟」。 據廟方沿革所記，註5. 其香火源於清乾隆時期，福建漳州之漢移民來台拓墾，並迎來三山國王神尊，註6. 於土城鄉埠塘(今土城千歲路邊)設壇奉祀，之後又於現土城處創建「慶安宮」註7.

另據大正四年(西元1915年)日人的宗教調查，慶安宮位於「擺接堡員林庄土城 50 番地」，註8. 祭祀圈是土城當地的員林庄、大安寮庄、埤塘庄，信眾約五百人，建立時間約五十餘年前，亦即1860年代前後，清咸豐、同治之時。註9. 該廟在於昭和八年 (西元1933年) 的尾牙夜間毀於祝融，神像倖免於難，則暫安民宅，繼續祭拜。

後來雖有重建之議，但因太平洋戰爭爆發而未果。 光復後，復有建廟之議。由於日據時土城曾迎請神農大帝繞境消災，解決農害，並印製五穀先帝神像供鄉氏膜拜，因此民國四十年間由鄉紳共議建廟時遂決定改主祀神農、並供奉三山國王。隔年在原「土城神社」註10. 的廢址上奠基興建，民國四十三年建成安靈，是為土城「神農宮」。

該廟於民國六十九年、七十三年分別有較大規模的重建、增建工程，至民國七十五年完成大致現今的樣貌。民國九十三年新增奉祀文昌帝君與財神爺、民國九十七年將虎爺從財神殿移入偏殿供俸，以應信眾需求。

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註4. 據日據大正四年(西元1915年)日人土城公學校校長所上的宗教調查，「慶安宮」主祀的神祇為「三山國王」。參見網頁
註5. 「新北市土城區五穀先帝廟沿革」見五穀先帝廟2013年刊印的農民曆。
註6. 按三山國王為潮、惠地區之信仰，因此應非漳籍所攜入的原鄉信仰，因此可推測土城早年應有潮籍客民拓墾。
註7. 位置應在現土城慶安街及光明街交會處的水圳邊，據現今廟址東邊不遠處。參「臺灣地區地名查詢系統」
註8. 「擺接堡員林庄土城 50 番地」應在土城區中正路 74 巷 3 弄內附近，舊有之水圳邊，與前註耆老所稱「土城慶安街及光明街交會處的水圳邊」位置差距不遠。
註9. 參見網頁：http://c.ianthro.tw/163422。
註10. 參「臺灣地區地名查詢系統」。