十八王公廟在早期的《台灣通志》與《台北縣志》等均無載，這顯示十八王公廟的「發跡」是晚近之事。

對於十八王公廟的歷史，廟方並無明確的文字紀錄，僅之年代久遠，源自清代。一般對十八王公歷史源流有多種說法：一說有十七名反清人士與一隻狗要到臺灣投靠鄭成功，遇海難而溺斃；一說（清同治年間或清中葉）註7. 有十七位福州巨紳和一隻狗往浙江普陀山進香的途中，船隻翻覆人狗俱亡（或義犬存活，以身殉主）；一說有十七名漁民帶一條狗出海捕魚，遭巨浪船毀人亡，義犬以身殉主（或義犬未出海，見主人亡故，以身殉主）。註8. 總之，就是清代時的海難，義犬以身殉主，連同十七位亡故者，受鄉里收埋供奉，而成十八王公。

不過另據曾參與日據時期淡金公路開拓的曹壬葵回憶，日據時十八王公的墓碑是刻「犬王」兩字，係紀念一隻殉主的忠犬。曹氏認為由於碑上「犬王」字跡風化，居民補漆不慎將「犬」易為「大」字，「大」字又遭風蝕成「十八」字樣，故形成了「十八王公」。註9. 如此一般坊間流傳的故事可能是常民望文生義而衍生出來的。

十八王公廟最初僅是一墓塚，直至民國五十二年才加鋪磁磚、並搭建小拜亭供人祭拜。民國六十年臺灣電力公司要興建核電廠（核一廠），廟址土地被徵收，遂移至現址，註10. 且路基增高，墓穴便成為現在的陷入地下的模樣，不意「環境」一改，香火反而大盛。

十八王公廟在台電的遷移補償下，於民國六十四年重建拜亭，並因香火鼎盛增設其他建物。民國六十六年修建地下室，遂成為現在十八王公廟的樣貌。 十八王公的墓塚成龜形，老墓塚的墓碑方向朝內（南向），碑上刻寫「顯應十八王公」、「丁酉年陽月」，註11. 位於地下室；墓塚的對面立有一供人敬拜的「王船」。廟方在舊墓塚的上方一樓平面處增建了一座新墓與「義犬公」塑像供信徒膜拜，新墓碑刻為「顯應十八王公」、「民國六十九年春」、「歲次庚申三月立」。在墓的拜亭左側則建有廟亦可膜拜，均應是民國六十四年之後所修建。

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註7. 據《石門鄉志》所載，認定約在清同治年間。見徐福全，《石門鄉志》（台北：石門鄉公所，1997），頁449。
註8. 參見前引文化部「台灣大百科全書」「十八王公」詞條(黃萍瑛撰寫)、與另一個文化部「台灣大百科全書」「十八王公」詞條(顏榮賢撰寫，98年10月28日更新)。《石門鄉志》所載的故事版本為義犬存活，但以身殉主。徐福全，《石門鄉志》，頁449。
註9. 參見沈旭凱，〈淡金公路開拓史盡在淡水人物誌〉，《聯合報》（台北：2002年3月20日），版18台北縣重新區新聞。
註10. 原墓(廟)在核一廠圍牆內，參見〈托福﹖ 十八王公廟毗鄰而立 核一運轉率創造佳績〉，《聯合報》（台北：1985年12月25日），版3。
註11. 該碑並未說明是何「丁酉年」。查民國四十六年、光緒廿三年、道光十七年與乾隆四十二年均為丁酉年，該墓碑形制看似古樸，應為清代之墓。