風水配置來看，鄞山寺座東朝西，背倚大屯山，左靠觀音山，面朝淡水河，是傳為「蛤蟆穴」的風水寶地，為二殿兩廊兩橫屋格局，前方有半月池及廟埕，後為兩口水井及化胎，註15. 化胎隆起自寺廟後方往前包覆，形成略為橢圓的平面配置。此廟三穿殿座向由外朝內，與一般正面朝外作法不同，為部分師傅營建方式。鄞山寺因具備「汀州會館」之功能，故兩側橫屋都曾是汀州客的暫居之所，並比照伙房兩房一廳的規格，可謂慎重。但右橫屋仍有三間鄰接走道，無附客廳的房間，顯示會館依然對來者有社經地位的差別。

在建築上以傳統木及斗砌磚牆建築構成。內牆為土埆磚、斗子砌，外牆則為斗子砌搭配卵石。石壁堵、石柱其他石作皆使用觀音山石。此廟之落柱佈局嚴謹，圓柱最為尊貴，用於正殿，其次為八角柱、方柱。地板鋪面使用淡水對岸的觀音石，臺基以本地山石作亂石砌，室內則多為尺磚。門為木造，以神龕兩側門扇尤為精緻，窗櫺可分為木造、磚造及綠釉花磚，形式簡單。此廟正殿、三穿殿及兩廊皆使用木棟架，為疊斗式棟架，比例勻稱穩重，為典型的道光年間風格。正殿使用閩南粵東棟架常見的做法，並於進入大殿前增設一捲棚拜廊。正殿後排樓面使用方斗，為粵籍師傅之特色。

裝飾包含泥塑剪黏、石雕、木棟架以及彩繪。鄞山寺的泥塑剪黏位於正殿及三穿殿，其中三穿殿龍虎堵分別有定光和尚除蛟、伏虎的泥塑，人物姿態生動，特徵與正殿定光佛神像相似。石雕部分位於三穿殿排樓面與正殿龍柱、柱珠、抱鼓石、門枕石及壁堵等等。其龍柱屬道光年間風格，龍盤繞於柱上但不浮出，線條圓潤，較無綴飾。鄞山寺的柱珠種類較多，其中三穿殿磉石突起銜接八角柱珠作法十分少見，新莊廣福宮三穿殿亦有此作法。木棟架裝飾特色包含彎栱、獅座、看隨、束隨、束首、托木，以琴棋書畫、花鳥走獸等為題。神龕木雕塗金漆，雕刻細膩富有變化。註16.

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註15. 其中寺後左右空地該兩口井被視為蛤蟆眼，而寺前半月池為蛤蟆口，某種程度上符合了傳說的意象，更證實了所謂「後山為屏，前水為鏡」的風水說法。此摘引自淡水區公所，《淡水鎮志》(新北市：淡水區公所，2011)，頁85、86。
註16. 以上摘引自「客家傳統建築影像數位典藏網」。